清道光3年（1823）7月，由於連日豪雨成災，造成曾文溪（當時稱「灣裡溪」）上游因山洪暴發、溪流改道，而在蘇厝甲一帶沖潰堤防、直入臺江內海，由於洪水挾帶泥沙、土石，促進內海堆積作用的形成，使得海岸線向西推移，更讓臺江頓時縮減、僅殘留下部分狹小水域，形成了一大片海埔新生地。清道光4年（1824）4月，總兵觀喜等上奏摺〈籌建鹿耳門砲臺〉中，提及：「鹿耳門一口，百餘年來，號稱天險者，蓋外洋至此，波濤浩瀚，不見口門，水底沙線橫亙，舟行一經擱淺，立時破碎。其中港門深僅丈餘，非插標乘潮，不可出入…。今則海道變遷，鹿耳門內形勢大異。上年七月風雨，海沙驟長。當時但覺軍工廠一帶沙淤，廠中戰艦不能出入；乃十月以後，北自嘉義之曾文、南至郡城之小北門外四十餘里，東自洲仔尾海岸、西至鹿耳門內十五、六里，瀰漫浩瀚之區，忽已水涸沙高，變為陸埔。」

這片新生陸浮的區域，初時土地尚屬「春水潮大，水裁尺許；秋冬之後，可以撩衣而涉」的情況，若遇夏季暴雨，更易造成河水氾濫，使土地隨時有遭沖刷毀壞的可能。不過即使如此，在隔年就已有「民人搭蓋草寮，居然魚市」，雖然可能只是臨時性的草寮搭蓋，以做為經營魚塭或魚販之用，但卻也預告了這片土地將吸引大量移民前來拓墾。而後，這片新生的臺江浮覆地，也果然吸引了眾多移民前來入墾，進一步加速了臺江浮覆地的陸化，最後連僅存的溪流及水塘亦迅速消失殆盡。於是，曾經汪洋浩瀚的臺江內海，也至此走入了歷史之中。

至於原來綿延環繞著臺江內海的濱外沙洲，則慢慢與臺江海埔地新生連結在一起，使之後府城僅存下鹿耳門與國賽港、三鯤鯓等3處門戶。而因鹿耳門港逐年淤塞，往來船隻也僅能停泊於港外，終於在清道光20年（1840）以前變成廢港，失去了港口與海防的功能，據姚瑩所呈〈臺灣十七口設防圖說狀〉即言：「鹿耳門距四草不及五里，在昔號稱天險，自道光三年淤塞，今口已廢，水深不過數尺，小船亦難出入。」而閩浙總督顏伯燾、福建巡撫吳文鎔亦稱：「惟臺灣之鹿耳門報有沙淤，而附近之四草湖又已寬深」。又至清道光21年（1841）1月，由於鴉片戰爭之影響，清政府為防止英船入侵，也為防堵奸民接濟英船飲水、糧食或偷運鴉片，所以又用石頭填塞鹿耳門廢口，以致鹿耳門連小船停靠的機能，也完全喪失。而鹿耳門港的地位，則逐漸被後起的安平大港、國賽港、四草湖、三鯤鯓等取代，其中鹿耳門北邊的國賽港（七股鄉三股村）為通洋商船停泊處，負責查驗工作的文武2口也設置於此，商品在此卸貨後，透過另行開鑿的「竹棑仔溪」（竹茷港）運送四草湖，再沿安平大港進入府城五條港區，且安平大港也負責南北二路貨品運輸；另安平港以南的三鯤鯓，則因水沖成港，也可供小船登岸停靠。

至於曾文溪在沖毀蘇厝西岸後，一路向西南往鹿耳門口附近出海，因此新河道也稱之為「鹿耳門溪」；另有一條北邊支流在今公親寮一帶，往東北向學甲寮一帶北流後，經蚵殼港後，注入主流鹿耳門溪；又在「菅仔寮」與公親寮間有1條支流，蜿蜒向西南注入四草湖，當地人也稱之為「本淵寮溪」。如清道光10年（1830）7月，由曾敦仁、黃本淵、陳國瑛所合報〈疆域山水〉載：「臺界外北條一溪，原由曾文溪透菅寮出西注海，今從菅寮溪尾入臺界，曲出鹿耳門礁口旁，又分支斜南透出安平角大港口入海。邇時溪道紛更，此臺、嘉分界所以難憑溪道為準繩也。」換言之，在臺江浮覆之後，由於鹿耳門一帶為新河道出海口，不過新河口四周地勢低平，沙洲散布，水文環境複雜，縱橫密布著許多大小溪流，致每逢雨季經常氾濫成災，也對日後新來移民的開發造成影響。

而被先民暱稱為「青瞑蛇」的曾文溪，在清末日治初期又發生3次較大規模改道（1871、1904、1911），期間且有數次局部性或小規模的氾濫，致使溪流沿岸屢遭惡水侵襲，百姓生活空間飽受洪災水患的威脅，聚落居民經常流離失所、被迫大舉遷移，一直到日昭和13年（1938）曾文溪治水工程告竣後才逐漸減少。有關此一時期曾文溪下游改道情況，大抵如下所示：

（1）在清同治10年（1871）7月，南臺又因暴風猛雨迭作，山洪暴發，曾文溪主流改道向南偏移，下游出海口附近的鹿耳門古媽祖廟也遭大水所侵，最後被沖毀在鹿耳門溪道之內，不過廟內神像則被居民搶救出來，而後以「跋爐主」方式輪祀於附近民家之間；另外北支流也沖毀當時西港附近位於蚵殼港南邊的蘆竹崙，而後又持續向北流至三股溪出海，而據前輩學者盧嘉興的考證，三股溪可能為清道咸年間（1821-1861）徐宗幹協同居民所開鑿的人工排洪道；鹿耳門溪南的支流（本淵寮溪）則與主流斷開，也使臺江浮覆地東南半部形成一片完整的土地，少了溪流的阻隔，也加速臨近居民的移墾開發。

（2）日明治37年（1904）年曾文溪再度改道，主流在公地尾向北改由北支流的三股溪經國賽港（今七股鄉三份村龍雄2號橋邊）入海，此次改道也沖毀下游的十份塭聚落，迫使居民遷往公地尾西南處重新建村。至於鹿耳門溪則成為支流，溪水在公地尾南下經十份塭與土城仔東面，再經媽祖宮庄之北面，由鹿耳門入海。鹿耳門溪在往後歲月並逐漸與主流分離萎縮。

（3）日明治44年（1911）的暴風雨，使曾文溪下游再次發生改變，主流在沖毀西港附近的蚵殼港後，向西在七股庄十份塭、青草崙入海，而原來的流路如鹿耳門溪和三股溪則皆斷源，水量縮減，河道規模更加縮小。不過卻使原屬七股庄的土城仔、青草崙與安順庄連接，因此至日昭和13年（1938）4月1日，日本政府也將土城仔、青草崙改隸新豐郡安順庄，使曾文溪成為新豐郡與北門郡的分界，至戰後也延續為臺南縣市的界河。

而鹿耳門的地理演變發展至此，在滄海桑田、海陸劇烈變遷之下，失去了過往的特殊形勢，僅成為一區域空間名詞，如所謂鹿耳門溪、鹿耳門洋面等，至於鹿耳門天后宮則成為地方重要的地理指標，故聚落也逐漸以媽祖宮為名，於是也讓鹿耳門之確切地點不再為時人所知悉，造成戰後關於古鹿耳門位置之爭議。實際上，在日大正4年（1915），有中國福建省立甲種農業學校學生來臺參訪，本欲尋訪歷史上著名的鹿耳門之所在，不過在當時就已經無法遂其所願，有云：「明清時所謂臺灣者歷年久遠，夷為平陸，鯤身失其形勢；今安平鎮距廳治一里而遙，有輕便鐵道通焉。史冊所載鼎鼎有名之鹿耳門，徒令人冥思其勝而不可得矣」。

除在海岸線及鹿耳門溪出海口，有小部分自然浮覆及泥沙堆積之外，有許多漁民在淺海、溪墘與低窪地區開築養殖魚塭，如較大規模者有佔地200餘甲的四草合作農場，另外淺海水域部分也有被開闢為鹽田（安順鹽場）及製碱廠（鍾淵曹達株式會社、臺碱安順廠）的土地；近年來，政府除規劃了四草自然保護區外，更在顯宮、四草、鹽田以西區域填土設置「臺南科技工業區」，在科工區內規劃有機關、大專院校用地、工廠用地等，土地整體範圍約達近千公頃。這些人為開發，也大規模使鹿耳門一帶的地理環境產生變化。